Los niños de la vacuna arranca del injusto olvido de una verdadera historia: la de una filantrópica expedición española en lucha con el gigante mortífero de la época: La viruela.

Su protagonista, el jovencísimo Andrés Naya, da cuenta de la epopeya vivida a bordo de la corbeta María Pilar por un  puñado de héroes, que convulsionará la Medicina de la Era Moderna. Muchos de los expedicionarios cambiarán el difuso calor de un orfanato por un misterioso y errático vagar de las aguas del Caribe.